오대국의 닌자마을에 혈족 계승 능력자들이 행방불명되는 사건이 일어난다.
이후 각국은 조사하기 시작하고 조사중 사이가 정체불명의 생물에게 당해 부상을 입는다.
임무에서 철수하던 카카시는 오비토를 회상하며 조사단을 다시 파견하지만
오히려 조사단이 나뭇잎 마을 닌자였던 히루코에게 전멸당하게 된다.
히루코는 제4차 닌자대전을 선포하며 혈족 계승 능력을 손에 넣어 완전체가 되려고 하고,
히루코가 카카시에게 걸어놓은 술법을 통해 자신의 사륜안마저 손에 넣으려 하자
카카시는 히루코와 자멸을 결심한뒤, 그 와 동귀어진을 하기 위해 나뭇잎 마을을 떠난다.
나루토는 그런 카카시를 구하기 위해 뒤를 쫒아간다.