호수에서 엄마 키사키 에리를 찾아낸 모리 란은 무심코 달려오지만, 엄마인 에리는 란에게 멈추라고 한다. 갑자기 총성이 들리고, 엄마인 에리는 땅바닥에 넘어진다. 그런 꿈을 꾼 란은 바로 엄마에게 안부 전화를 한다. 엄마 에리는 웃으면서 넘기지만, 란이 전화에서 "꿈으로 본 엄마는 지금보다 조금 젊었다"라고 말하니, 에리는 표정이 흐려진다. 코난은 소년 탐정단과 함께 항공 박물관으로 가서 아가사 히로시를 기다린다. 그 동안에 아유미가 코난과의 사랑을 점친다. 결과는 "A의 예감"이었다. 이 의미는 낡은 은어로 키스를 의미하지만 그 의미는 코난만 알고 있다. 다른 소년 탐정단 아이들은 다른 방향으로 지레 짐작을 한다. 이 와중에 박물관에서 비행기의 사진을 찍던 유명한 사진가를 만난다. 이 때, 모리 탐정은 잠시 탐정 사무소를 비우게 된다. 그 후, 형무소에서 가석방한 지 얼마 안 된 사람이 전화를 모리 탐정 사무소에 걸었지만 아무도 받지 않았다. 무엇인가 의미 깊은 분위기를 감돌고 있었다. 일주일 후에, 공원에서 조깅을 하던 메구레 경부가 누군가에게 저격당한다. 그 다음에는 키사키 에리가 독이 든 초콜릿을 남편 모리 탐정이 보낸 선물인 줄 알고 먹다가 쓰러진다. 다행히 병원에서 위세척을 받아 목숨을 건졌지만 분위기가 점점 심상치 않으며 그 다음으로는 아가사 히로시가 어떤 사람에게 석궁으로 저격당한다.[1] 코난은 이 사건을 토대로 코고로 아저씨나 자신을 둘러싼 인물을 노린다고 생각한다. 그리고 범인은 가석방한 지 얼마 안 된 그 사람이라고 경찰은 밝혀낸다. 이 범행의 목적은 아마 자신을 체포한 모리 코고로에게 복수한다고 생각할 수 있지만, 정말로 그럴까? 과연 그 사람의 단독 범행인가? 시간이 지나자 마침내 사망자까지 발생하는데….