고입시 학격자 발표를 기다리는 많은 학생들의 등장으로 시작된다. 주인공인 미나카미 와타루도 그중에 한명의 학생. 평소에 넘버원으로 통하던 그는 고입 합격을 자신만만하게 기대하고 있었다. 하지만 시험 정답을 밀려 쓰는 바람에 고입시에 낙제 하게 된다. 이제 모든것이 끝이라고 생각하며 집으로 돌아 오는데 정체 불명의 남자 두명이 다짜고짜 와타루를 트럭에 태우고는 어디론가 가버린다. 정신을 차린 와타루가 와있는곳은 바로 프리미스 아일랜드 라고 하는 테마파크가 있는 한 섬이었다. 정체불명의 두명의 남자는 와타루에게 호시미가오 카니시 학원이라는 곳에 추천 입학했다는 말을 하고는 사라진다. 섬으로간 와타루는 실수로 바다에 빠지고 당황하던 순간 한 여자아이에게 도움을 받고, 여기서부터 무려 12명이나 되는 여동생들에게 둘러싸이는 시스터 프린세스의 이야기가 시작된다!
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