서기 2008년 7월, 핵무기를 능가하는 초자력무기를 이용한 대규모 전쟁이 일어나 5개의 대륙은 바다에 가라앉고 문명도 멸망하였다. 몇 명의 사람들은 우주선으로 지구를 탈출하려 하지만, 우주선은 망가져 개발살이 난 지구로 다시 추락하고 만다. 다시 지구에 남겨진 사람들은 절망하지만 이내 지구가 자연의 생명력에 의해 수복되는 과정을 직접 목격하게 되고, 결국 삶의 희망을 되찾으며 '남겨진 섬'에서의 생활을 일군다. 20년 후, 그들은 모두 죽고 한 사람만이 남았다. 그들의 아이인 코난은 자연의 품속에서 자라 건강하고 활기찬 소년이다. 코난의 할아버지는 혹시 인류가 멸망한 것은 아닌지, 자신이 죽으면 섬에 홀로 남겨질 코난은 어떻게 될지를 늘 걱정하고 있다. 그러던 어느 날, 바다에서 낯선 소녀 라나가 떠내려온다. 할아버지는 라나에 의해 지상에는 아직 인류가 남아있다는 사실을 알게 되고, 나이대도 비슷한 코난과 라나는 어느새 친구가 된다. 하지만 갑자기 비행정을 타고 온 군인들이 라나를 납치해 가는데…
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